لقد بدأت مدارس الأحد كحركة شعبية علمانية (مدنية) أي لم يكن لرجال الإكليروس / الدين شأن بها، بل وقف بعضهم منها في عقودها الأولى موقف المتحفظ والمتوجس. لكن مع الوقت سعت مدارس الأحد إلى الكهنوت والرهبنة، والعكس صحيح أيضا ً. فما هي قصة ذلك؟ 
 

 الحق أن مدارس الأحد هي التي سعت أولا ً للرهبنة والكهنوت ، وكان أول مدرس بمدارس الأحد يلتحق بالرهبنة هو الأنبا صموئيل أسقف الخدمات الاجتماعية الراحل (1919 – 1981 ) من مدارس أحد الجيزة ، كان ذلك عام 1948، لقد انجذب بعض شباب مدارس الأحد  إلى الأب مينا المتوحد الذي صار فيما بعد البابا كيرلس السادس، وذلك في أواخر الأربعينات في مكان تعبده بمصر القديمة. أما ثاني من انتموا لمدارس الأحد والتحقوا بالرهبنة فكان الأب متى المسكين في نفس العام والمكان. وكان الأب متى المسكين قد نفى في مذكراته التي نشرت بعد وفاته أنه قام بالتدريس في مدارس الأحد بالجيزة ، وقال إنه كان يتردد عليها للقاء أصدقائه منتقدا ً أسلوب التدريس فيها معتبرا ً أنه يقوم على التلقين.  
 

أما أول كاهن تتم رسامته من حركة مدارس الأحد فكان القمص بولس بولس وهو من مدارس أحد الجيزة أيضا ً، وقد صار كاهنا ً في دمنهور بالبحيرة. وهكذا يكن القول إن مدارس الأحد انفتحت على الكهنوت والرهبنة من خلال فرع الجيزة.
 

ومع مرور الوقت صارت مدارس الأحد المصدر الرئيسي - وليس الكلية الإكليريكية- للكهنوت والرهبنة. لقد انصهر الثلاثة ولم يعد بينهم خطوط فاصلة. إن هذا له بعض الإيجابيات والسلبيات.
 

وفي مؤلفه خريف الغضب ذكر الكاتب الكبير محمد حسنين هيكل أن قادة مدارس الأحد رأوا أن الدعوة الإصلاحية لن يكتب لها النجاح ما لم يتم اختراق الرهبنة باعتبارها نقطة القوة ومركز الثقل في الكنيسة. وغني عن البيان أنها الباب للوصول إلى المناصب القيادية العليا في الكنيسة وليس كليات اللاهوت كما هو معمول به في الكنائس الأخرى. ربما يكون قلة منهم قد فكرت على هذا النحو. لكن أغلب مدرسي مدارس الأحد آنذاك ليسوا على هذا القدر من الدهاء والمكر. 
 

 وكان التزاوج بين مدارس الأحد من جهة، وبين الكهنوت والرهبنة من جهة أخرى قد وصل إلى ذروته عام 1971، حين صعد إلى المنصب البابوي " نظير جيد" أحد رموز حركة مدارس الأحد في الأربعينات والخمسينات، وذلك تحت اسم "البابا شنودة الثالث".
 

 وفي بداية عهده، قام قداسته برسامة عدد كبير من كبار قادة مدارس الأحد كهنة على كنائس القاهرة، الأمر الذي أضعف من قوة المراكز القيادية فيها.

 ولهذه الأسباب وغيرها صارت مدارس الأحد تحت الإشراف الكهنوتي المباشر وتحت سيطرته، الأمر الذي أفقد مدارس الأحد استقلاليتها و هويتها كونها حركة علمانية شعبية، وإن جعل مدارس الأحد واسعة الانتشار وجزءًا لا يتجزأ من الكيان الكنسي.