انتقد الدكتور خيري عمر, عضو المكتب السياسي لجماعة الإخوان المسلمين, اختيار دكتور هشام قنديل رئيسا للوزراء, و قال عمر للبديل "إن قنديل  لا يمتلك المؤهلات والاعتبارات التي تؤهله لكي يتحمل مسئولية الحكومة في الفترة المقبلة, وسط كل التحديات التي توجه مصر في الفترة الحالية".

وأشار عمر في تصريحات للبديل "أن قنديل كان جزء من أزمة حوض النيل خلال الفترة السابقة, خاصة وأنه كان داخل الوزارة خلال الأزمة, وأن كل الأفكار والمشاريع التي قدمتها الوزارة خلال الأزمة لم تكن علي قدر المسئولية", مؤكدا أن اختياره يأتي لأن "مناقشات الحكومة غامضة حتى الآن ولا يعرف الشعب عنها شيء".