بعد فشلة في حصار عكا سافر نابليون إلى فرنسا سرًا تاركًا كليبر قائدًا للحملة على مصر التي صارت في مهب المخاطر ومنها خطر البريطانيين والمماليك والعثمانيين، وعلى خلفية هذا النزاع المتعدد على مصر انتهزالمصريون الفرصة للخلاص من الفرنسيين، فكانت ثورة القاهرة الثانية'> ثورة القاهرة الثانية التي اندلعت «زي النهارده» في ٢٠ مارس ١٨٠٠ حيث هاجموا معسكرات الجيش الفرنسى.
ورغم أن أهل بولاق لم يساهموا بوضوح في ثورة القاهرة الأولى في أكتوبر ١٧٩٨ إلا أنهم هم الذين فجروا ثورة القاهرة الثانية'> ثورة القاهرة الثانية بقيادة مصطفي البشتيلى وهو من أعيان بولاق، كما لعب أعيان القاهرة وتجارها وكبار مشايخها دورًا كبيرًا فخرج عمر مكرم نقيب الأشراف وأحمدالمحروقى كبير التجار على رأس الثوار.
فلما عاد كليبر للقاهرة بعد انتصاره على العثمانيين بعين شمس وجد الثورة مشتعلة وتحولت الكثير من الأماكن إلى حصون وقلاع، فقرر القضاء على ثورة القاهرة حتى ولو اضطر إلى إحراق القاهرة وفي ١٤ أبريل ١٨٠٠ بدأ هجومه على بولاق وأخذ يضـربه بالمدافع.
وكانت مداخل الحى مُحصنة والثوار مُتحصنين خلف المتاريس وقاموا بإطلاق النار ولكن المدفعية الفرنسية كانت أقوى وأضرموا النار في مبانى الحي، ومات العشرات،واضطرالمشايخ والعلماء للتوسط حقنا للدماء فاتهمهم الثوار بالخيانة وشتموهم وضربوهم ورمواعمائمهم لكن العلماء واصلوا مساعيهم لحقن الدماء إلى أن تم التوصل لاتفاق في ٢١ أبريل ١٨٠٠ مقابل العفو عن سكان القاهرة والثوار أيضا.
ويقول المؤرخ والكاتب الصحفي ورئيس دار الكتب حلمي النمنم أن مشايخ الأزهر كان لهم دور رئيسي وتاريخي في أوقات الثورات ومن الأدوار التي كانوا يلعبونها دور الوساطة بين السلطة والشعب ولكن لأنه في ثورة القاهرة الثانية'> ثورة القاهرة الثانية لم تكن هناك سلطة شرعية وأنما مواجهة كانت بين الشعب وسلطة احتلال فرنسي فقد اتهم الثوار شيوخ الأزهر بالخيانة والعمالة ومثلما قال الجبرتي عما فعله الثوار بالشيوخ :«أسمعوهم قبيح الكلام وضربوهم بالنعالات».
