عقب فوز"محمد مرسى" برئاسة جمهورية مصر العربية،وهو المشكوك فيه تعالت الأصوات من جماعة الأخوان المسلمين بضرورة القضاء على الأقبــاط لتـأيده الفريــــق "أحمد شفيق" رئيسا لمصر،لأنهم السبب فى تقدمه،ولذالك زادت حوادث العنف الطائفى ضد الأقباط فى مصر، واستمر التهميش نفسه الذي كان موجودا خلال العصور الســابقة للرئيس"مرسى"وهذا ما دفع غالبة الأقباط  للقول "فقد ذهبت دكتاتورية وجـاءت أخرى" إلا أن " محمد مرسى"لجاء إلى محاولة لتغطية أعماله ضد الأقباط،والأعـــــلام  العالمى بأختيارالقبطى دكتور"سمير مرقـــس"ضمن مستشارينه، ولكنه قدم استقالته عقب أصدر مرسى"الأعلان الدستورى".

 

ففى ظل حكم الرئيس"محمد مرسى " لمصر أرتكبت جماعة الأخوان المسلمون وبعض المتشددين من الإسلامين؛ العديد من الأحـداث الطائفية ضد الأقباط ،قدرت بنحو (13) حادثه نذكر منها على سبيل المثال وليس الحصر،أحـداث دهـــشور،بمنطقة الجيزة ،وقرية شربات بإلاسكندرية، ومنطقة الخصوص بمدنية القاهرة،والمــــريناب بالأقصر، وقرية مرزوق بمدنية المنيا،وبلغ عدد ضحاياه بالإضافة لحالات فردية نحو (40) قيلاً. وقدرت بعض المنظمات أن عدد من هــاجروا  خارج البلاد من الأقباط نحو(1000000  نسمه)،فى ظل هـــذه الأحداث الدامية،وكان على رأسم المهندس"نجيب ساويرس" الذى عاد للبلاد مرة آخر بعد دفع نحو 7 مليار جنيه مصرية. 

 

لأول مرة فى تاريخ مصر الحديث والمعاصر يتم الأعتداء على الكاتدرائية المرقسية بمنطقة العباسية بمدنية القاهرة عاصمة البلاد فى 7 إبريل 2013م، وهى المقر الرئيسى  لقداسة البطريـرك"تـــواضروس الثانى"البـــابا رقم (118) منذ عام (2012م)،وذلك فى أثناء تشيع ضحايا أحداث الخصوص. 

 

وفى خلال حكم المخلوع "محمد مرسى"هدمت وحرقت العـديد من الأديرة الكـنائس ومنازل وشركات ومحـــــــلات وصيدلايات وعيــادات الأقبــــاط،وأجبروا على الهجرة الأجبارية الداخلية،وصاحب ذلك عمليات النهب والسلب،وتم خطف الرجــال من الأطباء والمهندسين والحرفين وغيرهم،وخطف الأطفال والفـــتيات،والنساء المسنين،وطلب دفع فدية قدرت بنحو بمليون جنية مصرية.

 

وعندما بدأت حركة "تمرد" الشبابية فى تجميع التوقعات لعزل "محمد مرسى" كان الأقباط من أوائل المشاركين فيها،لدرجة أن أحد مشايخ الأخوان وصف ذات الحركة بإن غالبيتها من الأقباط،وعندما خرجت الملايين  فى 30 يـــــونيو 2013م، للـــــــــشوارع  والميادين فى شتى بقاع مصر، وهى التى قدرت بنحو 33 مليون نسمه،كان الأقبـــــــاط بجانب أخوانهم المسلمين،ونستطيع أن نقول أن هذه الثورة شارك فيها شتى الطوائف فى مصر،إلا أنصار المعزول .

 

وفى 3 يوليو 2013،أصدر الفريق أول "عبــــد الفتاح السيسى"بياناً قرر فيه خلع الرئيس "محمد مرسى"،وتعين المستشار"عدلى منصور"رئيساً للبلاد،ووضع خارطــــة الطريق،كان البابا "تواضروس الثـــانى" بجوار شيخ الأزهر الدكتور"أحـمد الطـــــيب" من أوائل المباركين للشعب المصرى،بهذه الثورة العظيمة.