كانت بداية الستينيات نقطة تحول كبرى في تاريخ  مدارس الأحد، وقد طال التغيير الاسم نفسه حيث تحول الاسم من "مدارس الأحد" إلى "التربية الكنسية"، الأمر الذي أنذر ببداية مرحلة جديدة.
 

      وكان أسقف دير الأنبا أنطونيوس و يدعى الأنبا غبريال قد ألف كتابا يدعى وحي السماء انطوى على هرطقات، مما حدا بالكنيسة أن تحاكمه، أما رد فعل الأسقف فقد هدد بإبلاغ نظام الحكم تحت قيادة جمال عبد الناصر آنذاك، والذي كان شديد العداء للغرب، وتحديدا ً الإنجليز، بأن مدارس الأحد حركة إنجليزية الأصل حتى يسبب متاعب للكنيسة وللقائمين على محاكمته.
 

     أسرع الأرشيدياكون د. وهيب عطا الله نائب الرئيس العام لمدارس الأحد ( الذي صار فيما بعد الأنبا غريغوريوس أسقف البحث العلمي) بالمطالبة بتغيير الاسم إلى "التربية الكنسية" درءا ً للشبهات. وقد وافق الرئيس العام للحركة وهو البابا كيرلس السادس على هذا التغيير.
 

      ولاشك في أن هذا التغيير في الاسم كان جزءا ً من هيمنة القيادة الكنسية بالكامل على حركة مدارس الأحد، فبعد سنوات قليلة، تمت رسامة الأنبا شنودة ( البابا شنودة الثالث فيما بعد) أسقف للتعليم وأوكلت إليه إدارة التربية الكنسية. 
 

       ضاعت التربية الكنسية وسط اهتمامات أسقف التعليم ومن بينها الإكليريكية والدعوة إلى الإصلاح والصراعات مع القيادة الكنسية ومجلة الكرازة، مما أدى إلى إفول نجم مدارس الأحد أو التربية الكنسية حسب المسمى الجديد.  
 

  وكانت بداية الستينات مرحلة جديدة في مصر كلها حيث تم التوسع في التعليم، وانصرف مدرسي (خدام) التربية الكنسية إليه وحققوا مراحل متقدمة فيه، كما التحقوا بوظائف حكومية جيدة، وتزوج كثير من القادة وانشغلوا بأسرهم، وحدثت هزيمة يونيو 1967 ، التي أثرت على المناخ العام في مصر، وكثرت هجرة الأقباط لبلاد المهجر، وهكذا يمكن القول إن فترة الستينات وتحديدا منتصفها بداية هبوط منحنى مدارس الأحد أو التربية الكنسية.