أصدر البابا تواضروس الثانى عدة قرارات ، اعاد بها ترتيب " البيت الداخلى " كما كان يقول سابقاً ، حيث أصدر القرار الباباوي رقم 29 لعام 2013 والخاص بتعيين " الدكتور سامي صبري شاكر" عميدًا لمعهد الدراسات القبطية، وإسناد مسئولية إدارة كل الأقسام بالمعهد له.