نشرت صحيفة " الشروق " أقوال " محمد الظواهرى " التى أدلى بها أمام نيابة أمن الدولة التى أعترف فيها بأن تنظيم بيت المقدس خلية عنقودية يمتلك 15 خلية متفرقة، كل خلية تتكون من 16 فردا، ولها أمير، ويقود كل هذه الجماعات مفتى عام للجماعة يرأسه قائد عام لها، كما كشفت التحقيقات أن القائد العام لهذه الجماعة هو شادى المنيعي، ولكن مفتيها العام غير معروف حتى الآن.
 

كما أعترف الظواهرى بأنه بأنه تلقى 15 مليون دولار من خيرت الشاطر، نائب المرشد العام لجماعة الإخوان، قبل القبض عليه بيوم فقط من أجل شراء أسلحة للجماعات الجهادية فى سيناء، وأنه سلم هذه الأموال إلى الدكتور رمزى موافى المعروف بطبيب بن لادن والذى أرسله أيمن الظواهرى . 
 

و أوضح الظاهرى خلال التحقيقات أن عملية شراء الأسلحة تمت بالفعل من ليبيا واليمن و إنه أعطى " صلاح شحاتة "، أمين عام تنظيم القاعدة فى ليبيا جزءا من هذه الأموال، وقام شحاتة بتهريب الأسلحة إلى مصر، وتخزينها فى أحد المخازن التابعة لممتاز دغمش، قائد تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني، وتم استخدامها فيما بعد ، و أشار الظاهرى إن جماعة الإخوان استخدمت 35 قناصا تابعين لتنظيمات جهادية خلال اعتصامي رابعة والنهضة، وأنهم هم من اعتلوا البنايات وتولوا حراسة المكان، وقاموا بتصفية بعض الشخصيات .