بعد توليه خلافة القديس مار مرقس، وجلوسه على الكرسى الرسولى، خلفا للمتنيح البابا شنودة الثالث، ليكون البابا 118 فى تعداد بطاركة الكرسى المرقسى أكد البابا تواضروس الثانى أن الكنيسة الرثوذكسية هى مؤسسة روحية رعوية ليس لها أى شأن بالسياسة موضحاً أنها فى نفس الوقت لن تتخلى عن دورها الوطنى الذى بدأته على مر العصور..

ولكن تحول هذا الأمر عند البعض من الوطنية إلى السياسة والسياسة "المستفزة" لقطاعات كبيرة من الشعب القبطى، والذى أدان وبشدة تصريحات بعض الأساقفة والأباء الكهنة السياسية والتى وصلت على حد التظاهر داخل الكاتدرائية للمطالبة برحيل الأنبا أرميا الأسقف العام بعد تصريحه الشهير بخصوص المادة الثالثة من الدستور، حيث طالب بقصر النص فى الدستور على حرية المعتقدات بالنسبة للديانات المسيحية واليهودية والإسلامية فقط.

كما أثارت تصريحات القس "بولس عويضة" والتى قال فيها أنه يهيم عشقا بالسيسى ويتفرس فى جماله ويعذر النساء فى ذلك إلى عاصفة أخرى سادت قطاعات كبيرة من المجتمع بأكمله وليس الأقباط فقط، كما تعرض إلى هجوم شديد من قبل بعض الإعلاميين ومنهم "خيرى رمضان" و"عمرو أديب"، حيث قال له "خيرى رمضان" خلال برنامجه "ممكن" على قناة "سى بى سى" الفضائية، أنه كان بالأجدر له أن يذكر البرنامج الذى سيقدمه السيسى وليس جماله!!

وفى مقال له قى صحيفة "المصرى اليوم" خلع المهندس "مينا بديع عبد الملك" بعض الألقاب الكنسية على المشير السيسى مثل "أكسيوس" و"فيلوثاؤس" والذين يعنون "مستحق" و"المحب للإله" والذين لا يطلقون فى الكنيسة إلا على القديسين فقط والرتب العليا من الكهنوت.. مما أثار أيضا إستياء قطاع كبير من الشعب القبطى.

وعلى الرغم من تأييدهم للمشير السيسى إلا أن الأقباط يقدسون معتقداتهم وطقوسهم أكثر من أى شئ ولا يقبلون أى تداخل بين هذا وذاك.. ولكن يصر بعض الأساقفة وقيادات الكنيسة أن يحملوا الشعب نفسه مسؤلية هذا التداخل، ومسئولية وضع مكانة كبيرة للمشير السيسى داخل الكنيسة.. 

وفى هذا السياق كان الأنبا بولا قد صرح فى وقت سابق خلال حواره لبرنامج الحياة اليوم المذاع على قناة الحياة، أنه يريد أن يصبح الفريق السيسى رئيساً للجمهورية، وأتمنى أن يكون رأى الكنيسة متوافقا على ترشحه لرئاسة الجمهورية لأنه شخص وطنى تحتاجه مصر .

وأضاف "بولا": "التصفيق الحاد داخل الكنيسة أثناء احتفالات أعياد الميلاد عندما ذكر اسم الفريق السيسى دليل واضح على تأييد الأقباط له ولا يجرأ أحد ذو خلفية عسكرية الترشح أمام الفريق السيسى".

ومن جانبه أكد نيافة الأنبا موسى أسقف الشباب لوفد الكونجرس الأمريكى خلال زيارته لمصر إن الأقباط هم أول من سيرشحون الفريق السيسي للرئاسة، وإن الدستور الجديد جيد ومتوازن ويحترم الأديان ويحافظ على حقوق كافة فئات المجتمع، وأعادت الكنيسة التأكيد على أن 30 يونيو ثورة ضد الاستبداد الديني في مصر وليس انقلابا عسكريا، وأن الأقباط يعيشون في سلام بعد الثورة، وأن الدولة كلها وليس الأقباط من يتعرضون للإرهاب منذ 30 يونيو، والكنيسة تؤيد الدولة في حربها على الإرهاب.