اتهموه بـ"التشكيك فيما هو معلوم من الدين بالضرورة"، وأنه يناهض "الأمن الفكري والإنساني"، واعتبروا برنامجه "مع إسلام بحيري"، محرضا على إثارة الفتنة وتشويه الدين، ويمس بثوابت الأمة والأوطان.. وغيرها من التهم التي أودت بالباحث والمفكر إسلام بحيري في غياهب السجون، ونعرض في التقرير التالي 10 معلومات عن أفكار أودت به للحبس. 
 

1- "البخاري" كانت كلمة السر في الهجوم الشديد الذي تعرض له إسلام بحيري، حيث شكك في الكثير من الأحاديث التي أوردها الشيخ محمد بن إسماعيل البخاري، لافتا إلى أنها غير صحيحة وتحتاج إلى المراجعة. 
 

2- عارض الباحث والمفكر، وجود ما يُسمى بـ"حد الردة في الإسلام"، مؤكدا أنه لا يمكن تصوره في النص أو تطبيقه في حياتنا بطريقة دموية منقطعة النظير في أي دين غير الإسلام. 
 

3- كما عارض "بحيري" كتب التراث مشددا أنها تدعم الإرهاب وليس بها الإسلام الحقيقي، داعيا إلى عدم الأخذ بها وتنقيتها مشددا على أن مرور 1000 سنة عليها، ليس دليلا على أنها صحيحة. 
 

4- يؤكد "بحيري" أن من حق المسلم بعد سماعه لأحد الأحاديث ويجد أنه غير مقتنع به أنه عن الرسول، فمن حقه أن يرفضه، مشددا على أنه لا يوجد علم للدين. 
 

5- يرى الباحث والمفكر، أن الكتاب المقدس والتوارة لم يتم تحريفهما، كما يزعم الشيوخ، مشيرا إلى أن الإيمان بهما جزء من إيمان أي مسلم، وأن "إله المسلمين والمسيحيون واحد". 
 

6- يرى بحيري أن المسلمون ليسوا وحدهم من سيدخلون الجنة، وأن أصحاب الديانات الأخرى سيدخلونها أيضا. 
 

7- يؤكد بحيري أن كل أفكار تنظيم "داعش" الإرهابي، موجودة في كتب التراث، وأن التنظيمات الإرهابية لا تفعل شيئا غير أن تنفذها فقط. 
 

8- يشدد بحيري أن الأزهر يرجعنا إلى "عصر الكهنوت والقرون الوسطى ومحاكم التفتيش"، وذلك تعليقا على مطالبة الأزهر بتوقيف برنامجه. 
 

9- يعارض إسلام بحيري ما يُقال عن زواج السيدة عائشة للرسول في عمر التاسعة، بل كانت في عمر الثامنة عشر، رافضا ما يُسمى بـ"زواج القاصرات". 
 

10- رفض إسلام بحيري أيضا، حادثة حرق علي ابن أبي طالب لأحد الأشخاص، مشيرا إلى أن ابن تيمية أراد عن يدافع عن أبو بكر في حادثة الحرق فا اتهم علي ابن أبي طالب بالحرق لاعتقاده أن أبو بكر يمثل السنة وعلي يمثل الشيعة.