صرح الأنبا موسى عن موقف البابا شنودة من ثورة يناير حيث قال أن "البابا كان متخوف فى البداية من الثورة ومتشكك فى من ورائها" ، كما أضاف "موسى" خلال مداخلة هاتفية على قناة صدى البلد " انا روحت للبابا وقلتله ديه ثورة شعب والناس والمصريين كلهم فى الميدان" ، مؤكداً "انه لم تمضى ساعات قليلة حتى خرج بيان الكنيسة مسائاً مؤيداً لهذه الثورة".