فى ظل عدم وجود قانون بناء الكنائس تعانى الكنيسة من وجود قرى كثيرة لا توجد بها أماكن يؤدى فيها الأقباط شعائرهم الدينية، ما يضطرهم لأداء صلواتهم فى العراء أو أسفل خيمة من القماش أو داخل مقهى، فيما توجد عشرات الكنائس المغلقة لدواعٍ أمنية، سبق أن تقدمت بها الكنيسة والحركات القبطية ببيان بأسمائها إلى الحكومات المتعاقبة عقب ثورة 25 يناير.

وحسب بيانات الكنيسة، توجد 48 كنيسة مغلقة فى العديد من محافظات الجمهورية، منها كنيسة وملجأ مارمينا بالمرحلة السابعة للشيخ زايد بمحافظة الإسماعيلية التى تم إغلاقها بمعرفة الأمن عام 1995، ومضيفة تم تحويلها لكنيسة فى قرية أولاد عطية الشرقى بمركز الزقازيق وكنيسة منيا القمح فى محافظة الشرقية والحاصلة على تصريح فى 25 مايو 2002، ولكن تم رفع قضية مخالفة بروز مبانٍ وحكمت المحكمة بالبراءة فى الابتدائى والاستئناف بعد إغلاقها فى 2 أكتوبر 2004.

القائمة تشمل ملجأ مارمينا بالإسماعيلية وكنيسة و4 مذابح بمنيا القمح والعذراء بعين شمس ومارمرقس بالمنوفية والأنبا ونس بالمنيا
وأغلق الأمن فى يناير 2003 مذبحاً بقرية بندث ذم بمنيا القمح فى الشرقية والذى كان مسئولاً عنه القس ويصا حزبى، كما أغلق لدواعٍ أمنية فى أكتوبر 2009 مذبح «مضيفة» كفر بدوى بمنيا القمح، وكذلك أغلق مذبح «مضيفة» بكفر بقطر فى منيا القمح بالشرقية فى يونيو 2003، وأغلق منزل تم تحويله لكنيسة منذ ثمانينات القرن الماضى بكفر نوار بمنيا القمح فى الشرقية، وأغلق مذبح «مضيفة» بقرية الإيتارية «مفيد شلبى» بمنيا القمح لدواعٍ أمنية فى أبريل 2006، وأغلق مذبح «مضيفة» كان مسئولاً عنها القس موسى عبدالمسيح بمركز القنايات بالشرقية فى 2011، ورفض الأمن تنفيذ قرار إعادة بناء كنيسة مارمرقس ومارجرجس بميت السودان بطنطا الغربية والصادر لها القرار رقم 200 بتاريخ 29 أبريل 2000، وتم إغلاق كنيسة رئيس الملائكة بقرية شونى بطنطا الغربية لصدور قرار إزالة ضده.

وفى القاهرة تم إغلاق كنيسة العذراء والأنبا أبرام بعزبة عاطف بعين شمس الغربية، كما تم إغلاق كنيسة العذراء وأبانوب بعزبة الأقباط بالقلج فى شبين القناطر بالقليوبية لدواعٍ أمنية منذ الثمانينات، كما تم إغلاق مبنى الملاك ميخائيل التابع لإيبارشية بنها وقويسنا بإسطنها بمركز الباجور فى المنوفية لدواعٍ أمنية عام 2005، وتم إغلاق كنيسة مارمرقس بقرية تلوانة بالباجور فى المنوفية التى تم إحراقها فى أبريل 2005، وأغلقت كنيسة العذراء والأنبا بيشوى بجرزة بمنوف فى المنوفية لتهدمها منذ الثمانينات، كما تم إغلاق مبنى خدمات بنفس المنطقة لدواعٍ أمنية عام 2008، وما زال إغلاق كنيسة العذراء والقديسة دميانة بقرية الملكية القبلية بالمنيا مستمراً بقرار من وزير الداخلية صادر عام 1986، وتعرضت كنيسة العذراء فى عزبة باسيليوس بالمنيا للحرق عام 2008 وتم إغلاقها منذ ذلك التاريخ.

الأمن أغلق مذبحاً ورفض إعادة بناء كنيسة بالغربية لدواعٍ أمنية
وفى قرية متوشالح بالمنيا أغلق الأمن كنيسة الأنبا ونس، كما أغلق ديراً للراهبات فى الفاروقية التابعة لإيبارشية بنى مزار والبهنسا، ومنذ 2010 تم وقف البناء فى المطرانية القديمة التابعة لإيبارشية مغاغة والعدوة بالرغم من حصولها على موافقة بهدم المطرانية المنشأة بالقرار الملكى 40 لسنة 1935، كما رفض الأمن بناء جمعية الشمامسة التابعة للكنيسة فى قرية القايات بالمنيا التى تم هدمها فى 1999 لتجاورها بجوار مسجد، وتم إغلاق منزل مملوك لمطرانية مغاغة فى قرية ميانة بالمنيا عام 2009 لتحويله لكنيسة، كما أغلق الأمن فى 2004 جمعية الشمامسة بقرية بنى خالد التابعة لمطرانية مغاغة بالمنيا، وتم إغلاق كنيسة البشارة فى كوم بوها بديروط بأسيوط منذ عام 2008، كما تم إغلاق كنيسة مارجرجس بنزلة مصطفى بديروط فى 2010، وكذلك كنيسة مارجرجس بمدينة شلش بديروط فى 2009، واستراحة لمطرانية ملوى ودار مسنين بدير أبوحنس بالمنيا منذ عام 1993، وإغلاق بيت خاص بمدارس الأحد بقرية صميدة بسمالوط بالمنيا عام 2008، وكذلك بيت خاص بمدارس الأحد بعزبة فرج الله بسمالوط عام 2006، وكنيسة مارمينا بعزبة سدراك بالجبل الغربى بالمنيا أغلقت فى 2008، وكنيسة مارجرجس والأنبا رويس بعزبة الياس حنا فى سمالوط مغلقة منذ 2006، وكنيسة العذراء بعزبة فارس بسمالوط المغلقة منذ 2006، وبيت خاص بمدارس الأحد بعزبة داود يوسف بسمالوط المغلقة منذ 2009، وكنيسة العذراء بمركز صدفا بأسيوط المغلقة لدواعٍ أمنية عام 1997، وكنيسة مارجرجس بالغنايم القبلية بأسيوط المغلقة عام 2005، وكنيسة أبانوب بقرية فزارة بالقوصية فى أسيوط، وكنيسة القديس يوليوس الأقفهصى بعزبة جرجس ببنى سويف، وكنيسة الأنبا مقار بقرية الخرمان بالصف فى حلوان المغلقة منذ 1990، وكنيسة بقرية البرميل بحلوان.

وفى سوهاج ما زال مستمراً إغلاق كنيسة الأنبا مقار بنجع القيصرية بجرجا منذ عام 1986، وكنيسة العذراء بشق النزلة فى جهينة الغربية، أما فى قنا فتم إغلاق كنيسة العذراء بقرية الرحمانية بدشنا عام 1985، وكنيسة العذراء بفاو بحرى بدشنا أيضاً، وكنيسة الأنبا بولا والأنبا أنطونيوس بالخطارة منذ عام 1960، وكنيسة مارجرجس المزاحم بالعليقات منذ 2006، وكنيسة أبوسيفين بدنفيق منذ 1983، وكنيسة أبانوب بقرية المقاتلة بمركز طامية فى الفيوم المغلقة لدواعٍ أمنية فى 2002.