في مساء يوم 3 يوليو 1798 م زحفت الحملة على القاهرة، وسلكت طريقين أحدهما بري وسلكته الحملة الرئيسية؛ حيث تسير من الإسكندرية إلى دمنهور فالرحمانية، فشبراخيت، فأم دينار (على مسافة 15 ميلاً من الجيزة)، وأما الطريق الآخر فبحري وتسلكه سفن الأسطول الخفيفة في فرع رشيد لتقابل الحملة البرية قرب القاهرة. وتكشف وثائق عن توصيف دقيق بقلم نابليون نفسه لبعض المعارك الحربية مثل معركة الرحمانية( رقم4626 بتاريخ20 يوليو1799) ولم يكن طريق الحملة سهلاً إلى القاهرة فقد لقي جندها ألوانا من المشقة والجهد، وقابلت مقاومة من قبل أهالي البلاد؛ فوقعت في 13 يوليو 1798 م أول موقعة بحرية بين سفن المماليك والفرنسيين عند شبراخيت، وكان جموع الأهالي من الفلاحين يهاجمون الأسطول الفرنسي من الشاطئين غير أن الأسلحة الحديثة التي كان يمتلكها الأسطول الفرنسي حسمت المعركة لصالحه، واضطر "مراد بك" قائد المماليك إلى التقهقر إلى القاهرة.

ثم التقى "مراد بك" بالفرنسيين عند منطقة إمبابة في 21 يوليو 1798 م في معركة أطلق عليها الفرنسيون معركة الأهرام، وهناك قال لجنوده (إن كان لنا أن نثق في ذاكرة نابليون): "إن أربعين قرنا تتطلع إليكم"

ومرة أخرى واجه الفرنسيون هذا الهجوم بطلقات المدافع والبنادق والحراب المثبتة فقتل سبعون فرنسياً وألفٌ وخمسمائة مملوك، وغرق كثيرون منهم في النيل في أثناء هروبهم الطائش، وفي 22 يوليو أرسلت السلطات العثمانية في القاهرة مفاتيح المدينة إلى نابليون مما يعني الاستسلام، وفي 32 يوليو دخل نابليون المدينة البهية من غير أن يواجه مقاومة.

وبالرغم من أن القوات المصرية كانت كبيرة لكن تسليحها لا يضاهي التسليح الفرنسي الحديث؛ فلقيت هزيمة كبيرة وفر "مراد بك" ومن بقي معه من المماليك إلى الصعيد، وكذلك فعل شيخ البلد "إبراهيم بك"، وأصبحت القاهرة بدون حامية، وسرت في الناس موجة من الرعب والهلع خوفًا من الفرنسيين.

نابليون في القاهرة

رسم لنابليون أمام أبو الهول بريشة جان ليون جيروم، القرن التاسع عشر.

دخل نابليون مدينة القاهرة تحوطه قواته من كل جانب، وفي عزمه توطيد احتلاله للبلاد بإظهار الود للمصريين وبإقامة علاقة صداقة مع الدولة العثمانية، وباحترام عقائد أهالي البلاد والمحافظة على تقاليدهم وعاداتهم؛ حتى يتمكن من إنشاء القاعدة العسكرية، وتحويل مصر إلى مستعمرة قوية يمكنه منها توجيه ضربات قوية إلى الإمبراطورية البريطانية.

وفي اليوم الثاني لدخوله القاهرة وهو الموافق 25 يوليو 1798 م أنشأ نابليون ديوان القاهرة وهو ديواناً استشارياً من تسعة من كبار المشايخ والعلماء ويرأسه الشيخ عبد الله الشرقاوي. لحكم مدينة القاهرة، وتعيين رؤساء الموظفين، غير أن هذا الديوان لم يتمتع بالسلطة النهائية في أي أمر من الأمور، وحتى نعرف غرض نابليون من هذا الديوان يظهر في وصيته لكليبر التي يقول فيها (إذا أردت أن تحكم مصر طويلا فعليك باحترام مشاعر الناس الدينية واحترام حرمات منازلهم) كما كان الغرض من مجلس القاهرة هو تفعيل الحياة المدنية بالمفهوم الحديث ومشاركتها جنبا إلى جنب مع الإدارة والسلطات الحاكمة في البلاد، وهو أحد الأفكار الهامة التي صاحبت الثورة الفرنسية من ضرورة تفعيل دور المجتمع والمشاركة المجتمعية في الإدارة والحكم، وهو قائم على أفكار المفكر والعالم الاجتماعى جان جاك روسو ونظريته المعروفة باسم نظرية العقد الاجتماعى والتي تقوم على أن العلاقة بين الإدارة والشعب تقوم على وجود عقد افتراضى بين الشعب من ناحية والحاكم والإدارة، التي من مقتضياتها زيادة المشاركة المجتمعية في الإدارة والحكم، وبالتالى فقد كانت المجالس النيابية هي إحدى المقتضيات الأساسية والمفردات الدارجة بشكل أساسا والتي واكبت الفترة ابان الثورة الفرنسية وما واكبها من أفكار وحراك فكرى وسياسى في فرنسا وفي كثير من دول العالم فيما بعد، ومن الجدير بالذكر وجود وثيقة رقم3618 بتاريخ 4 نوفمبر1798 يوقع فيها بونابرت علي قرار عسكري بأن تدفع فرنسا رواتب شيوخ الديوان، وهم الشيخ إسماعيل البراوي والشيخ يوسف الموصلي والشيخ عبد الوهاب الشبراوي والشيخ سليمان الجوسقي والشيخ أحمد الشرقاوي. ويبدو أن هؤلاء لم يكونوا قد انضموا إلي علماء الديوان في تكوينه الأول.

ومن القاهرة أصدر أوامره بأن تدار أمور مصر عن طريق دواوين عربية مكونة من المشايخ والعلماء يكون لها رأياً استشارياً للإدارة، لتعاون الإدارة في الحكم وهو انعكاس للأفكار الفرنسية والتي واكبت الثورة الفرنسية وكان لها صدى كبير في فرنسا في حينه واستمر فيما بعد وكان بداية المشاركة المجتمعية في الحكم في فرنسا والعالم.

ومنع جنوده من السلب والنهب وحمى حقوق الملكية الموجودة والذي تثبته عشرات الرسائل والأوامر بإعدام المجرمين وقطاع الطرق في القاهرة، وأيضا إعدام جنود فرنسيين ثبت إجرامهم في حق الأهالي، لكنه استمر في تحصيل الضرائب التي فرضها المماليك الغزاة على أهل البلاد لتمويل جيشه، وجلس مع الزعماء المحليين واعترف باحترامه للشعائر الإسلامية وإعجابه بالفن الإسلامي، وشهد ألا إله إلا الله،أصبح نابليون بونابرت حاكما مسلما اسمه "بونابردي باشا"، وكان يطلق عليه المسلمون اسم علي نابليون بونابرت، وكان يتجوّل وهو مرتدي الملابس الشرقية والعمامة والجلباب. وكان يتردد إلى المسجد في أيام الجمعة ويسهم بالشعائر الدينية التقليدية بالصلاة، وطلب مساعدة المسلمين له ليعم الرخاء والازدهار مصر، وعقد اجتماعاً مع علماء الحملة لوضع الخطط للقضاء على الطاعون وإدخال صناعات جديدة وتطوير نظم التعليم المصري وتحسين القوانين المعمول بها، وإنشاء خدمات بريدية ونظام مواصلات، وإصلاح الترع وضبط الري وربط النيل بالبحر الأحمر.

وفي يوليو سنة 1799م نظم المعهد العلمي المصري من علماء مصر وعلماء الحملة، وكان العلماء هم الذين أعدوا الأربعة والعشرين مجلداً ضخماً التي مولتها ونشرتها الحكومة الفرنسية بعنوان وصف مصر (1809-1828) Description de L`Egypte،..!!