من أهم الأسباب التي أدت لاغتيالها هو خلافها الشديد مع جماعة السيخ المشهورة والمتواجدة بكثرة في مدينة أمر تسار حيث يوجد بها معبدهم. بسبب خلاف نشأ بين زعيم السيخ الروحي سانت بيندرا وبين الحكومة الهندية بزعامة أنديرا غاندي أعتصم زعيم السيخ مع مجموعة كبيرة من أتباعه في معبدهم وأضربوا عن الطعام مما أضطر أنديرا غاندي لإصدار أوامرها باقتحام منطقة السيخ المحصنة في مدينتهم. حدثت معركة رهيبة راح ضحيتها أكثر من خمس مائة شخص وجرح من الطرفين ما يزيد على الألف شخص كما تم اعتقال أكثر من ألفين شخص من السيخ وقتل في تلك المعركة زعيم السيخ سانت بيندرا وقد أدت هذه الأحداث إلى إحساس السيخ بشعور من الحقد والضغينة تجاه أنديرا غاندي وأضمروا لها الشر وخصوصاً بعد اكتشافهم للدمار والخراب الذي أصيب به معبدهم فقامت مظاهرات صاخبة استمرت لأيام متوالية كانت تطالب بقتل أنديرا غاندي مما دفع أنديرا غاندي لاعتقال المزيد من السيخ وإيداعهم السجون.

 

لم يكن يخطر في بال أنديرا غاندي أن يقوم أحد من حراسها الخاصين والمدربين على حمايتها بأغتيالها ولم يخطر في خلدها أن تقوم بعزل أحد من السيخ المتواجدين من ضمن حرسها الخاص لشعورها بمحبتهم لها. بينما كانت خارجة من منزلها متجهة إلى مقر عملها سيراً على الأقدام في مكتب الوزارة تعرض لها ثلاثة من حراسها الخاصين والمنتمين للسيخ وأفرغوا رشاشاتهم في جسدها النحيل فماتت في الحال وقد تم الاغتيال في 31 أكتوبر من عام 1984م...!!