رفض الأنبا باخوميوس - القائم مقام بطريرك الكنيسة الأرثوذكسية- ما يتردد داخل الجمعية التأسيسية للدستور عن وجود مناقشات بين بعض أعضاء الجمعية من السلفيين؛ لإخضاع أموال الكنائس ومشروعاتها للمراقبة من قبل الجهاز المركزي للمحاسبات وكذلك مراقبة أموال القوات المسلحة، وإقرار ذلك في الدستور.

وأكد الأنبا باخوميوس أن "مجرد تقديم مثل هذا الاقتراح والموافقة عليه يدل على أن هناك اضطهادًا واضحًا للأقباط"، مشيرًا إلى أن الكنيسة لن تقبل ذلك الأمر تحت أي ظرف.

كما أوضح أنه "ليس من  المنطقي أن تأخذ الكنيسة إذن الجهاز المركزي للمحاسبات في موازنة الطعام الخاص بالرهبان في الأديرة، وفي رسامة القساوسة، وفي المشروعات الخدمية التي تقوم بها الكنيسة من عشور الأقباط".

 من جهته أشارالمستشار إدوارد غالب -ممثل الكنيسة الأرثوذكسية في الجمعية التأسيسية للدستور- الى أن مقارنة الكنيسة بالجيش في مراقبة أمواله وإقرار ذلك في الدستور الجديد "أمر غير منطقي"، موضحًا أن القوات المسلحة تأخذ مواردها وأموالها من الدولة، لكن الكنيسة تعتمد في أموالها على تبرعات الأقباط والعشور.