أصبح لمصر سفيرًا جديدًا في دولة الفاتيكان، وهو النائب العام السابق عبد المجيد محمود. وكانت قد بدأت العلاقات الدبلوماسية الودية بين البلدين منذ الثالث والعشرين من مايو عام 1947، واتسمت بالاستقرار والاتفاق في وجهات النظر خاصة في القضايا الرئيسية مثل تطور عملية السلام في الشرق الأوسط، وقد ساهمت النظرة المشتركة بين البلدين في تجاه مستقبل الشرق الأوسط الخالي من الأسلحة النووية إلى تطور الفهم وتناميه بينهما، بالإضافة إلى القضايا السياسية المشتركة، وما يخص تعزيز الحوار بين الأديان، والحفاظ على الأرواح البشرية.

الفاتيكان كذلك وفرت العديد من المنح الدراسية لشباب الرهبان المنتمين إلى الكنيسة الكاثوليكية، لدراسة الفلسفة واللاهوت والقوانين التشريعية في الجامعات والمعاهد المتخصصة التابعة للفاتيكان حول العالم، كما تأسست عام 1998 اللجنة المشتركة الدائمة للحوار بين الأزهر الشريف والمجلس البابوي، بهدف توفير منصة حيوية للنقاش المشترك بين المسلمين والمسيحين، وتجاوز المفاهيم الخاطئة بين الديانتين.

وعلى مستوى الزيارات، كانت الزيارات قليلة جدًا بالنسبة لتاريخ العلاقات الدبلوماسية الذي بلغ خمسة وستين عامًا، حيث كانت زيارة بابا الفاتيكان الراحل يوحنا بولس الثاني التاريخية إلى القاهرة، هي الأولى والوحيدة من نوعها، في الرابع والعشرين من فبراير عام 2000، وحظت باستقبال حضاري وتقدير بالغ من جميع شرائح المجتمع المصري، التي أعربت عن ذلك بالاهتمام الكبير بالزيارة التي أكدت على تعميق الأرضية المشتركة بين البلدين، بينما لم يقم البابا بنيدكت السادس عشر بزيارة مماثلة منذ تقلده منصب بابا الفاتيكان.

وفي الثالث عشر من مارس عام 2006، زار الرئيس السابق حسني مبارك الفاتيكان، بعد اعتلاء بنيدكت السادس عشر كرسي البابوية، واستعرضا خلال مباحثاتهما الثنائية مستقبل السلام والاستقرار في الشرق الأوسط، وكذلك آخر التطورات في العراق وإيران.

وعلى مستوى الزيارات الوزارية، انحصرت في زيارة واحدة قام بها وزير الخارجية المصري السابق أحمد أبو الغيط إلى الفاتيكان والتي التقى فيها وزير الخارجية الفاتيكاني دومينيك مامبرتي، لمناقشة سبل ووسائل تعزيز التعاون المتبادل بشأن القضايا الدولية ذات ذات الاهتمام المشترك، مثل عملية السلام في الشرق الأوسط والوضع في لبنان والسودان.

أما في الوقت الحالي وبعد تولي الرئيس مرسي منصبه كرئيس للجمهورية، لم يقم بأية زيارات للفاتيكان كما لم تعلن رئاسة الجمهورية عن نيته للقيام بهذه الزيارة قريبًا.