أدانت الدعوة السلفية وقيادات بالأزهر ما سمته «مخطط أخونة مؤسسات الدولة»، وبينها المؤسسات الدينية الرسمية، عقب تعيين كوادر من الإخوان فى عضوية المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، وقالوا إن التشكيل الجديد للمجلس يحوله إلى شعبة فى تنظيم الإخوان. وقال شريف طه، عضو الهيئة العليا بحزب النور السلفى، أمين الحزب بالدقهلية: «إن التشكيل الجديد للمجلس حوله إلى شعبة من شعب تنظيم الإخوان». وضم التشكيل قيادات إخوانية مثل الدكتور عبدالرحمن البر والدكتور يسرى هانى والدكتور راغب السرجانى والشيخ سلامة عبدالقوى، إلى جانب بعض المشايخ من السلفيين المعروفين بولائهم لتنظيم الإخوان، بينهم الشيخ محمد عبدالمقصود والشيخ نشأت أحمد. وقال الشيخ محمد الأباصيرى، الداعية السلفى: «إن تنظيم الإخوان يسعى للسيطرة على الأزهر ودار الإفتاء والمجلس الأعلى للشئون الإسلامية، ويخططون للدفع بالدكتور عبدالرحمن البر ليكون شيخ الأزهر المقبل». وانتقد الدكتور محمد الشحات الجندى، عضو مجمع البحوث الإسلامية بالأزهر، أمين عام المجلس الأعلى للشئون الإسلامية السابق، التعيينات الجديدة فى المجلس الأعلى للشئون الإسلامية، وقال لـ«الوطن»: «أنا غير راضٍ أبدا عن هذه التصرفات، وأؤكد أن هناك علامات استفهام كبيرة تحيط الموضوع بأكمله، خصوصا بعد استبعاد قامات كبيرة فى مجال الفقه والدعوة.