نددت السلفية الجهادية بالخطوة التي قام بها الرئيس مرسى بالاتصال بالبابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكنيسة المرقسية بالعباسية، وتأكيده له أن الاعتداء على الكاتدرائية هو مساس به شخصيًا، وقال نزار غراب، القيادي في السلفية الجهادي وأحد مؤسسي الحزب الإسلامي، إن الرئيس مرسي التزم الصمت عندما حوصر مسجد القائد إبراهيم بالإسكندرية واحتجز الشيخ المحلاوي فيه ما يقرب من 12 ساعة، في حين أنه انتفض عندما وقعت اشتباكات عند الكاتدرائية وبادر الرئيس مرسي وأعلن أن المساس بالكاتدرائية هو مساس به شخصيًا، وسخر غراب من مرسي وجماعته قائلاً: "هؤلاء هم الاخوان"