ومع مجيء الحملة الفرنسية إلى مصر(1798ـــ 1801م) حاول أحد أعضائها ويدعى "فيلوتو" تدوين أول نوتة للألحان القبطية. 

 على أية حال، يرجع الفضل إلى البابا كيرلس الرابع (1854 – 1861 م) والذي بفضل مجهوداته وتشجيعه استعادت الألحان القبطية صحوتها بعد فترة الركود، واستعان البابا بالمعلم" تكلا" الذي جاب البلاد طولاً وعرضًا، وما من لحن وجده سليمًا إلا واعتمده, حتى جمع الألحان كلها على أحسن صورة والتى يشملها طقس الكنيسة, فصار معلم الكتـّاب الملحق بالكنيسة البطريركية ،الذي كان يتعلم فيه أولاد الأعيان, إلى أن أنشأ البابا "كيرلس الرابع" مدرسة الأقباط الكبرى فعين المعلم تكلا معلمًا للألحان بها, وبعد ذلك رسمه قسًّا على الكاتدرائية لبالغ اهتمامه بطقس الكنيسة. 
 

وتعاون المعلم تكلا وعريان بك مفتاح معًا لوضع كتاب يضم الألحان الكنيسية لخدمة الشماس،(أستاذ اللغة القبطية في ذلك العصر), لأول مرة بكتاب خدمة الشماس،أضاف المعلم تكلا إلى الألحان القبطية بضعة ألحان يونانية قديمة, هى اثنا عشر لحنًا, لم يبق منها حتى اليوم سوى القليل منه: لحن يقال فى عيد الميلاد وهو لحن "ايبارثينوس ... اليوم البتول تلد الفائق الجوهر", واثنان يقالان فى دورة عيد القيامة والخماسين المقدسة وهما لحن "تون سينا نارخون لوغون ... نسبح نحن المؤمنين" ولحن "توليثوس فراجيس..... لما ختم الحجر من اليهود"
 

 وقد دبر الله سبعة عباقرة، أن يدرسوا على يد المعلم تكلا, فاستلموا منه الألحان كلها فكانت نهضة للحن الكنسي, ومن أشهرهم المعلم مرقس والمعلم أرمانيوس. 
 

وواصل المعلم ميخائيل جرجس البتانوني، الذي ولد في 14 سبتمبر سنة 1873 م، بالقاهرة وكان في صباه يبصر قليلاً وبعد ثلاث سنين أصيب بالرمد فسلمه والده الى الكنيسة ليتعلم الألحان ولم يكن يبخل عليه بالمال فى سبيل تحقيق ذلك, فتتلمذ على يد المرتلين مرقس وأرمانيوس ــ تلميذي المعلم تكلاــ, وما إن بلغ التاسعة عشرة من عمره حتى كان قد استوعب الألحان وملك زمامها. 
 

 ولذلك رسمه البابا كيرلس الخامس البطريرك (112)(1874-1927)  شماساً فى سنة 1886م، ارتقى إلى منصب كبير المرتلين في الكاتدرائية المرقسية في سن مبكرة, بعد أن التحق بالإكليريكية عام 1891 م، وفي 2 نوفمبر عام 1893م عين مدرساً للألحان بالإكليريكية وكان معروفاً بدقته في الآداء وجمال صوته وحفاظه على أصول هذه الألحان. 
 

 وبين عشية وضحاها، ذاع صيته واتجه بعد ذلك لتأسيس مدرسة للعرفاء العميان بالزيتون عام 1901 م. وقام بإعداد كتب للألحان القبطية على طريقة "بريل" لمساعدة المكفوفين،ومنح لقب البكوية لمجهوداته الكبيرة في نقل القداس القبطي إلى اللغة العربية. 
 

ومع بداية القرن العشرين اهتم راغب مفتاح،بالألحان الكنسية، لجمعها بطريقة علمية حديثة، فعمل على ضم  المعلم ميخائيل إليه فعملاً معاً لمدة أربعين سنة، بدأت في شتاء عام 1928م، وفي  حضور الموسيقي العالمي" نيولاند سميث", وصاحبه تسجيل العديد من تراث الألحان القبطية, حتى رحيله فى 18 أبريل سنة 1957 م،وبلغ عدد ما تم تسجيله من ألحان في النوتة الموسيقية ما يقرب من ستة عشر مجلداً، وهى التى حولها العلامة راغب مفتاح إلى تسجيلات صوتية، وبعد رحيله حاولت" لــورنس مفتــاح" بالتعــاون مع مكتبــــة الكونجرس تحويلها إلى أسطونات، وقام بتسليمها إلى يد قداسة البابا "شنــــودة الثالث البطريرك  الحالي. 
 

ويذكر أن الأستاذ "ملاكة عريان" ساهم في السعي وراء عمل نوتة موسيقية  في عام 1946م، ومن أجل ذلك قام بتأجير شقة بجوار الكنيسة المرقسية في كلوت بك، وشراء بعض الأدوات الموسيقية وأخذ يجمع حوله  بعض الأقباط الذين لهم مواهب موسيقية، لتكوين فرقة لعزف ألحان الكنيسة القبطية، واعتمد على المعلم ميخائيل جرجس البتاتوني كبير المرتلين، فقد كان يسجل صوته وينقل هذه الألحان إلى نوتة موسيقية لتتناقل بصورة حديثة من جيل إلى جيل بصورة موسيقية جميلة. 
 

1- الطريقة الفرايحي: وتستخدم في الأعياد الكبرى الخاصة بالسيد المسيح، كذلك في الخماسين المقدسة. 

2-  الطريقة الحزايني: وتستعمل في الأسبوع الذى يسبق عيد القيامة، ويعرف حسب الاصطلاح الكنسي"أسبوع الآلام" أو "البصخة المقدسة". 

3-  اللحن الصيامي: ويستخدم فى ألحان الصوم الكبير ، وهو الصوم الذى يسبق عيد القيامة، ويعتبر من أقدس الأصوام وأهمها عند الأقباط. 

4-  اللحن الشعانينى: ويستخدم في يوم أحد الشعانين أو "أحد السعف "وكلمة شعانين مشتقة من كلمة "هوشعنا" بالعبرانية ومعناها "خلصنا"، وهو الهتاف الذي صرخ به الشعب عند دخول السيد المسيح إلى أورشليم، ويستخدم أيضا في عيدي الصليب. 

5-  اللحن السنوى: وهو اللحن المستخدم فى بقية أيام السنة خارج هذه المناسبات الأربع. 

 -  التسبيح في خورسين: هو ما يعرف بالغناء التبادلي أو التقابلي، أو الأنتيفونا، حيث تنقسم الكنيسة إلى خورسين، خورس قبلي وخورس بحري، ثم يقوم الخورسان بتلاوة كل قطعة من التسبحة بالتبادل. 

-  التسبيح بطريقة المرد: حيث يقوم المرتل بأداء اللحن الصولو، بينما يرد عليه بقية أفراد الخوؤس "أو الشعب" بالمرد الثابت مثل "آمين" أو "الليليويا".. إلخ. 

-  التسبيح الجماعي: حيث يقوم الشعب كله بالتسبيح والترنيم، بينما يكون دور المرتل الرئيسي هو ضبط النغمات بالناقوس أو الدف. 

-  التسبيح المنفرد: وفيه يقوم المرتل بأداء الألحان كاملة منفرداً. 
 

ومن أشهر الألحان القبطية المستخدمة حاليًّا نذكراللحن السنجاري والأتريبي والشامي. 

  يتبين لنا مما سبق أن الموسيقى القبطية جاءت امتدادًا للموسيقى الفرعونية، واستطاعت أن تحافظ على سماتها من ناحيتى الآلات الموسيقية المستخدمة وطبيعة الألحان، وقد انتقلت تواترًا من جيل إلى جيل واختلطت بالأداء الدينى القبطي حتى أصبحت جزءًّا من نسيجه، وأصبح بمثابة السجــل التـاريخي،الذى استطــعنا من خلاله إدراك مواصفات الفــن الموسيقي الفرعوني،والذي طوِّعه الأقباط بحيث يكون معبرًّا عن معتقداتهم فى الصلوات والقداسات والتراتيل، وقد أصبح له رواد، لا يزال عددهم يتنامى حتى زماننا هذا وقد قيد لنقل هذا الفن والقيام عليه علماء مصريون، رغبوا العالم الغربى فى الأخذ بسهم في نشره والتعريف بملامحه ومميزاته وأدواته وآلاته.