وكانت الإدارة للهندسية للقوات المسلحة انتهت من أعمار كنيسة الأمير تادرس أمام صيد ناوي بعد إحلالها وتجديدها ضمن إطار المرحلة الأولى لأعمار الكنائس وتراجعت الدولة عن دورها في أعمار كنيسة الأنبا موسى التي تحتاج إلى إعادة إحلال وتجديد ، وهو ما أثار غضب الأقباط رغم وعود الرئيس عبد الفتاح السيسى إثناء توليه حقبة وزارة الدفاع بتحمل القوات المسلحة مسئولية أعمار جميع الكنائس .

كما مازالت الكنيسة الإنجيلية بجاد السيد بمدنية المنيا لم تدخل في خطة الأعمار ، وعندما أرسل مسئول الكنيسة إلى الإدارة الهندسية حول موعد البدء في الكنيسة يتم الرد " مفيش فلوس " ، وهو ما جعل البعض يتشكك في اكتفاء الدولة بالمرحلة الأولى فقط التي تم الانتهاء منها بأعمار الكنيسة الإنجيلية والكاثوليكية بمدنية ملوي بالمنيا والكنيسة المعمدانية ببني مزار والأمير تادرس بالمنيا وماريوحنا مركز ابنوب بأسيوط والادفنتست والإصلاح بأسيوط ومطرانية سوهاج مدرسة الراهبات ببني سويف 

 

ومازالت هناك العديد من الكنائس مازالت شاهدة على أحداث 14 أغسطس ولم يبدأ الأعمار فيها بعد مثل كنائس قرية دلجا مركز ديرمواس بالمنيا والأنبا موسى الأسود بمدنية المنيا وكنائس العذراء القديمة والجديدة بقرية النزلة الفيوم والأمير تادرس بقرية دسيا بالفيوم كنيسة الشهيدة دميانة والكنيسة الإنجيلية بقرية الزربى مركز طامية بالفيوم وكنائس كفر حكيم والمنصورية وكرداسة بالجيرة ومطرانية اطفيح بالجيزة وكنائس الكوم الأحمر بالجيزة و كنائس السويس .