بدأت محكمة جنايات القاهرة برئاسة المستشار محمد شيرين فهمى، نظر أولى جلسات محاكمة " عادل حبارة " المتهم الرئيسى فى مذبحة رفح الثانية ، و34 آخرين من أعضاء، خلية "المهاجرين والأنصار"، بتهم إدارة وتولى زعامة جماعة أسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة الى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامه من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والاضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى، والقتل العمد وحيازة سلاح نارى، وحتى مثول الجريدة للطبع لم تُصدر المحكمة قرارها.
وشددت الأجهزة الأمنية من إجراءتها فى محيط المحكمة، وانتشرت مجموعات قتالية فى الطريق المؤدى لمعهد أمناء الشرطة بمنطقة طرة، فضلا عن فرق من إدارة المفرقعات والكلاب البوليسية، وعربات الأمن المركزى، وحضرت هيئة المحكمة إلى مقر المحكمة وسط حراسة أمنية مشددة.
وجاء فى أمر الإحالة أنه فى غضون الفترة من عام 2011 حتى اكتوبر عام 2013 بمحافظات الشرقية وشمال سيناء والقاهره وخارج جمهورية مصر العربية انشأ المتهم الاول محمود محمد مغاورى وأدار وتولى زعامة جماعة أسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة الى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامه من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والاضرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعى بان انشا وادار وتولى زعامة جماعة تدعو لتكفير الحاكم واباحة الخروج عليه وتغيير نظام الحكم بالقوة والاعتداء على افراد ومنشات القوات المسلحه والشرطة والمسيحيين ودور عباداتهم ، كما كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة، قيام المتهميين الثانى " عادل حبارة"، والثالث وآخر متوفى قيادة بجماعة أسست على خلاف أحكام القانون بأن أسس المتهم الثانى " حبارة " وأنشا خلية المهاجرين والأنصار واشترك فى إصدار التكليفات لأعضاء تلك الجماعة وتولى المتهم الثالث والمتوفى إعداد برنامج فكرى وحركى وعسكرى لتدريب وتأهيل المنضمين لتلك الجماعة لتنفيذ اغراضها الإرهابية.